سیستم آموزش پزشکی کشور با مشکلات عدیده‌ای دست و پنجه نرم می‌کند که بی‌انگیزگی اساتید را نیز در پی داشته است. افزایش چشمگیر ظرفیت پذیرش دانشجویان پزشکی، مصوبه‌ی سال ۱۴۰۰ شورای عالی انقلاب فرهنگی، یکی از مهم‌ترین این چالش‌هاست. این مصوبه که افزایش ۲۰ درصدی سالانه را پیش‌بینی می‌کرد، در عمل به افزایش ۷۴ درصدی در رشته پزشکی و ۷۶ درصدی در رشته دندانپزشکی منجر شد.
این جهش ناگهانی در پذیرش، بدون فراهم شدن زیرساخت‌های لازم، دانشگاه‌های علوم پزشکی را با بحران کمبود فضا، امکانات و استاد مواجه کرده است. کلاس‌هایی که پیش‌تر ظرفیت ۵۰ دانشجو داشتند، اکنون پذیرای ۲۰۰ دانشجو هستند. این کمبودها در خوابگاه‌ها، بیمارستان‌ها، آزمایشگاه‌ها و دیگر مراکز آموزشی نیز به وضوح مشهود است. تعداد پذیرفته‌شدگان از ۸۰۰۰ نفر به بیش از ۱۵۰۰۰ نفر افزایش یافته است، در حالی که ظرفیت و امکانات موجود تنها برای ۸۰۰۰ دانشجو طراحی شده بودند.
این وضعیت، کیفیت آموزش را به شدت تحت تاثیر قرار داده است. کمبود ۲۵۰۰۰ تخت آموزشی و همچنین کمبود شدید نیروی انسانی متخصص ( ۲۹۰۰ استاد علوم پایه و ۲۳۰۰ استاد بالینی) از جمله مشکلات اساسی هستند که به نگرانی عمومی دامن زده‌اند. ازدحام دانشجویان در راهروها و کلاس‌ها، مانع از آموزش مؤثر و یادگیری مطلوب دانشجویان می‌شود؛ تا جایی که بسیاری از دانشجویان حتی قادر به شنیدن توضیحات اساتید نیستند. کمبود امکانات آزمایشگاهی و بالینی نیز چالش‌های دیگری را ایجاد کرده است. به طوری که برخی دانشجویان مجبورند در راهروهای بیمارستان، آموزش‌های بالینی خود را دنبال کنند.
این وضعیت بحرانی، سوژه شوخی‌های تلخ دانشجویان نیز شده و نگرانی‌هایی را در مورد کیفیت آموزش و توانایی پزشکان آینده ایجاد کرده است. معاون آموزشی وزارت بهداشت در این باره اذعان داشته که توصیه‌های اولیه مبنی بر عدم افزایش ۲۰ درصدی ظرفیت، نادیده گرفته شده و این تصمیم به شرایط بحرانی کنونی منجر شده است. او تاکید دارد که افزایش ظرفیت در سه تا چهار سال گذشته، به دو برابر شدن تعداد دانشجویان منجر شده و ضربه شدیدی به کیفیت آموزش وارد کرده است.
با این حال، معاون آموزشی وزارت بهداشت خاطرنشان می‌کند که تلاش می‌شود کیفیت آموزش حفظ شود و امتحانات و آزمون‌ها با دقت و کیفیت بالایی برگزار گردد. اما او به صراحت به کمبود امکانات و نبود فضای مناسب برای آموزش اشاره می‌کند. او همچنین می‌افزاید که هدف بازگشت به ظرفیت ۸۰۰۰ دانشجو نیست، بلکه برنامه‌ریزی برای مدیریت ۱۵ تا ۱۶ هزار دانشجوی فعلی با تامین بودجه و رفع کمبودهاست. با توقف افزایش پذیرش از سال ۱۴۰۴، فرصتی برای رفع این مشکلات به وجود آمده است، هرچند معاون وزارت بهداشت قول قطعی برای رفع مشکلات در مدت زمان کوتاهی نداده است.
