بررسی‌های مجمع تشخیص مصلحت نظام در خصوص بودجه ۱۴۰۴ نشان از مغایرت‌هایی با سیاست‌های کلان کشور و برنامه‌های توسعه دارد. به گفته محسن زنگنه، نایب رئیس کمیسیون تلفیق بودجه، مجمع ۱۳ مورد عدم انطباق را در بودجه شناسایی کرده است. برخی از این موارد پس از بررسی، تایید و برخی رد شدند.
یکی از مهم‌ترین ایرادات مجمع، عدم تحقق رشد اقتصادی ۸ درصدی با توجه به احکام مصوب بودجه بود. مجمع بر این باور است که این میزان رشد بدون مشارکت گسترده بخش خصوصی و با تکیه صرف بر منابع دولتی، دست نیافتنی است. همچنین، مجمع تک رقمی شدن تورم و ثبات قیمت‌ها در بودجه را ناقص دانسته و آن را با احکام مصوب نامتناسب ارزیابی کرد.
در خصوص بخش بانکی، مجمع برخی احکام را به دلیل تحمیل فشارهای احتمالی بر بانک‌ها و عدم تناسب با توانمندی آنها، غیرقابل اجرا تشخیص داد. مجمع همچنین سیاست‌های ارزی بودجه را موجب عدم ثبات نرخ ارز و منجر به تراز تجاری منفی دانسته و افزایش نرخ ارز ترجیحی، نرخ مرکز مبادله و ایجاد بازار ارز توافقی را با سیاست ثبات ارزی نامتناسب ارزیابی کرد.
در مورد اصلاح ساختار بودجه، بخش عمده‌ای از ایرادات مجمع پذیرفته شد، اما شفاف‌سازی در درآمدها و هزینه‌های شرکت‌های دولتی به ویژه شرکت نفت، به دلیل مغایرت با برنامه هفتم توسعه، مورد قبول واقع نشد. مجمع همچنین نظام مالیاتی بودجه را مورد بررسی قرار داد، اما پس از ارائه توضیحات، این ایراد رد شد. مواردی همچون معیشت، پیشران‌های اقتصادی و توسعه دریامحور نیز با دفاع کمیسیون تلفیق، مورد تایید مجمع قرار گرفتند.
بحث قانون‌گذاری و عدم اتکا بودجه به نفت، به همراه مبحث توسعه صادرات، از دیگر مواردی بود که عدم انطباق آنها در مجمع رد شد. در نهایت از ۱۳ مورد عدم انطباق، ۶ مورد به عنوان مغایرت با سیاست‌های کلی کشور تایید و ۷ مورد دیگر رد شد. زنگنه امکان رفع بسیاری از ایرادات را مطرح کرد و بر لزوم افزایش مشارکت بخش خصوصی در اقتصاد و تفویض برخی پروژه‌ها به بخش خصوصی تاکید نمود. وی از برگزاری جلساتی با کمیسیون اقتصادی هیات عالی نظارت و مجمع در آینده نزدیک برای رفع ایرادات خبر داد. لازم به ذکر است که ایرادات مجمع نه تنها به مصوبات مجلس، بلکه به مواردی در لایحه دولت نیز مربوط می‌شود.
